深圳商报·读创客户端首席记者袁静娴

　　鸡为何有鸡味？这是否由它的群体基因决定？在群体基因组策动中，构建一个高质料、代表性强的参考基因组面板（reference panel）是晋升基因型填充精度的要津。

　　此前，牛和猪等经济动物已辞别诞生程序化参考资源，有用激动了数目性状位点（QTL）见识和候选基因识别的发挥。比拟之下，行为全球饲养量最大的家禽——鸡，此前尚枯竭一套袒护鄙俚、样本富饶、可支执多场景足下的高质料参考面板。

　　为填补这一空缺，有科学家发起并构建了全球首个10万范围鸡参考面板神志——100K GCRP（Global Chicken Reference Panel）。近日，该策动第一阶段后果在《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》杂志在线发表。由中国农业大学胡晓湘栽培和王宇哲团队牵头的策动团队，构建了全球首个鸡类参考基因组资源库，有望为鸡种遗传变异图谱构建、东谈主工聘请策动和精确育种提供基础撑执。

　　记者了解到，在此策动中，深圳企业华大智造的DNBSEQ-T7基因测序平台以及MGISP-960高通量自动化样本制备系统、MGISTP-7000分杯科罚系统为神志组提供了从样本科罚到基因测序的系统支执。

　　鸡的驯化历史可回首至约8000年前，发源于散布在南亚和东南亚的原鸡（Gallus gallus）。原鸡不仅是首个完周密基因组测序的鸟类，亦然最早被解码的脊椎动物基因组之一。现在，寰球变异数据库（如 dbSNP v106）已收录约2343万个单核苷酸多态性位点（SNP）和240万个短插入/缺失变异（InDel），为鸡的基因组关系分析（GWAS）和功能基因挖掘提供了迫切基础。

　　全球10万范围鸡基因型参考面板GCRP。华大智造供图

　　跟着低深度测序（LCS）时候的发展，策动者得以在戒指本钱的同期收尾大范围样本测序，弥补传统SNP芯片信息袒护不及的局限，为基因组聘请与精良化变异定位提供了新可能。

　　胡晓湘栽培默示，“从AI大模子的角度来说，基因组亦然一门话语，它自身就额外合适文本类型话语化的特征。因此，咱们念念用AI的深度学习与谎言语模子的纪律，把基因组行为一门话语来进行长远的策动。把鸡的基因组弄明显后，对咱们领略东谈主类和其他动物的疾病等现象皆是有匡助的，这是咱们全球鸡基因字典这个神志但愿收尾的真义。”

　　在策动中，策动团队选定低深度测序得回了10,104份商品鸡样本，此外征集了1847个高妙度测序样本，构建了两个高质料子面板（CBP 与 CMP），系统评估了不同策略下的基因型填充性能，并在模拟与真正性状中展示了其在GWAS和因果变异定位中的上风。该资源库有望为鸡种遗传变异图谱构建、东谈主工聘请策动和精确育种提供基础撑执。

　　策动团队默示，本策动构建了全球首个鸡类参考基因组资源库，整合了来自全球多个品种/品系的11,951个鸡基因组样本，涵盖全球主要商品鸡与场所鸡种群，识别了跨越48M个SNP以及4.7M个InDel突变，其中新发现突变占比高达67.6%，权贵扩展了现存变异数据库的袒护范围。

　　据悉，在策动中，华大智造不仅提供测序仪器，还提供一系列自动化开流配套，收尾从索求建库到测序的全产业链闭环的生态系统。将来，策动团队还将依托于华大智造测序平台将这一时候扩张到主要的猪鸡等经济动物家禽的育种企业。

　　此前，中国农业大学国度阵势动物科学中心于旧年10月与华大智造达成计谋和解，共开国度阵势动物科学中心DCS Lab，搭建从索求建库到测序的完善系统平台，为猪模子在异种器官移植、东谈主类疾病模子和生物育种等领域发展执续孝敬力量。

　　鸡是现辞寰球上数目最多的鸟类体育游戏app平台，亦然全球饲养量最大的家禽。基于中国农业大学在阵势动物表型与遗传策动领域领有的学术蕴蓄和基础形势，胡晓湘栽培主导的全球鸡基因字典神志责任缓缓伸开，将基于华大智造DNBSEQ-T7及T1+诞生高通量测序时候平台，引申百万级样本的重测序任务，为买卖化肉鸡群体的遗传选育、GWAS策动提供迫切科研撑执。

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